अब श्रील रघुनाथ का रति मंजरी के रूप में अपनी आध्यात्मिक पहचान में लीन होना अस्थायी रूप से समाप्त होता है, और वे अपनी बाहरी चेतना में अपने दीक्षा गुरु यदुनंदन आचार्य की प्रशंसा करते हैं। लेकिन उनकी यह तथाकथित 'बाहरी' चेतना भी आध्यात्मिक है, क्योंकि वे श्री चैतन्य महाप्रभु के प्रत्यक्ष पार्षद हैं। रघुनाथ यहाँ कितनी विनम्रता और उत्सुकता से अपने गुरु की प्रशंसा करते हैं! अपने गुरु की उन पर हुई कृपा का उनका स्मरण कितना मधुर है! "श्री गुरु के चरण कमलों के प्रति आसक्ति ही परम लक्ष्य है और उनकी कृपा से सभी इच्छाएं पूरी होती हैं" (नरोत्तम दास ठाकुर)। रघुनाथ दास श्री गौरांग महाप्रभु के प्रेम में पागल थे, और यद्यपि उन्होंने नीलाचल (पुरी) में महाप्रभु से मिलने के लिए अपने पिता की कैद से भागने की बार-बार कोशिश की, लेकिन उनके पिता ने उन्हें हर बार पकड़ लिया। रघुनाथ को घर पर रखने के लिए दिन-रात पाँच रक्षक, चार सेवक और दो ब्राह्मण तैनात रहते थे। एक ओर महाप्रभु की शक्तिशाली कृपा उन्हें आकर्षित कर रही थी, और दूसरी ओर उनके पारिवारिक जीवन का बंधन था, जो एक कष्टदायक जेल की तरह था; रघुनाथ की भारी पीड़ा का वर्णन शब्दों में नहीं किया जा सकता। एक दिन श्री यदुनंदनाचार्य श्री रघुनाथ के पास आए और उन्हें घर के किसी काम का बहाना बनाकर मुक्त कर दिया। आचार्य का एक ब्राह्मण-शिष्य था जो कुल-देवता की सेवा कर रहा था, लेकिन उस ब्राह्मण ने यह सेवा छोड़ दी थी। आचार्य ब्राह्मण की तलाश के लिए रघुनाथ दास को साथ ले गए, और पूरे रास्ते उसे सेवा में लगाने की आवश्यकता के बारे में बात करते रहे।"जब वे आधे रास्ते पर थे, तब रघुनाथ ने अपने गुरु के चरण कमलों में कहा: 'मैं उस ब्राह्मण को ढूंढकर आपके पास भेज दूंगा; आप सुखपूर्वक घर जाइए!' इस तरह उन्होंने अपने गुरु की अनुमति प्राप्त कर ली।" रात के अंत में जब सब सो रहे थे, तब रघुनाथ ने इसे नीलाचल जाने और श्री चैतन्य महाप्रभु के चरण कमलों में पूरी तरह समर्पित होने के एक अच्छे अवसर के रूप में देखा। उनके गुरुदेव स्वयं उन्हें भौतिक जीवन की कठिन गाँठ से मुक्त करने के लिए आए थे, और इस तरह उन्होंने उन पर अपनी अतुलनीय कृपा का अमृत बरसाया था। तब कोई पूछ सकता है: अपने गुरु के आदेश का पालन न करके (उस ब्राह्मण को वापस न लाकर) रघुनाथ भक्ति जीवन में कैसे सफल हो सकते थे? इसका उत्तर यह है: रघुनाथ समझ गए थे कि उनके गुरु का सर्वोच्च आदेश—सांसारिक जीवन का त्याग करना और महाप्रभु के प्रति समर्पित होना—उस ब्राह्मण-पुजारी को वापस लाने के तुच्छ आदेश से कहीं अधिक महत्वपूर्ण था। राजकुमार रघुनाथ यदुनंदनाचार्य के प्रिय शिष्य थे और वे भौतिक जीवन के दुर्गम बंधन से मुक्त होकर श्री चैतन्य के चरण कमलों में समर्पित हो गए, जिससे उन्होंने पूरी दुनिया को वैराग्य और भक्ति का आदर्श उदाहरण दिया। गुरु कितने प्रसन्न हुए होंगे! कोई भी भक्त जिसके लिए उसकी भक्ति ही उसका जीवन है, आसानी से समझ जाएगा कि ऐसे महत्वपूर्ण अवसर पर किस आदेश का पालन किया जाना चाहिए था। इस प्रकार रघुनाथ ने अपने गुरु की उचित सेवा की, और इसके माध्यम से वे भगवान के एक महान और प्रसिद्ध भक्त बन गए। इसलिए वे लिखते हैं: "उन्होंने व्यक्तिगत रूप से मुझ पर अपनी अतुलनीय कृपा का अमृत बरसाया।"
अपने गुरु की कृपा के परिणामस्वरूप रघुनाथ को भगवान चैतन्य के सबसे प्रसिद्ध पार्षदों में गिना जाने लगा। जब बंगाली भक्त बारिश के चार महीनों की अपनी वार्षिक तीर्थयात्रा से पुरी से लौटे, तो रघुनाथ के पिता ने शिवानंद सेन से अपने बेटे के बारे में पूछा और शिवानंद सेन ने उन्हें बताया:
"शिवानंद ने कहा: 'हाँ, वे भगवान के पास हैं और वे बहुत प्रसिद्ध हैं; उन्हें कौन नहीं जानता? भगवान ने उन्हें स्वरूप दामोदर की देखरेख में रखा है और वे वहां के भक्तों के प्राणों के समान हैं! वे दिन-रात पवित्र नाम का संकीर्तन कर रहे हैं और एक क्षण के लिए भी भगवान के चरणों को नहीं छोड़ते! वे अत्यंत वैराग्य में हैं, वे मुश्किल से कपड़े पहनते हैं या खाना खाते हैं। किसी न किसी तरह वे केवल जीवित रहने मात्र के लिए आहार लेते हैं!'"
गुरु-तत्व को इन शब्दों से समझाया गया है कि वे बहुत प्रभावशाली हो गए क्योंकि वे भगवान यदुनंदन (कृष्ण) के बहुत प्रिय हैं। गुरु ईश्वरीय सत्ता और भक्त का एक अद्भुत मेल हैं, जो एक शुद्ध भक्त के रूप में भगवान का ही प्राकट्य हैं:
"यद्यपि मेरे गुरु भगवान चैतन्य के सेवक हैं, फिर भी मैं उन्हें उन्हीं का साक्षात प्रकाश (स्वरूप) मानता हूँ।"
"मैं अपने गुरु के चरण कमलों की वंदना करता हूँ, जिन्हें सभी शास्त्रों और महान संतों ने साक्षात भगवान हरि कहा है, लेकिन जो फिर भी भगवान के अत्यंत प्रिय हैं, क्योंकि वे उनके शुद्ध भक्त हैं।" जब साधक भक्त गुरु के शुद्ध भक्तिपूर्ण व्यवहार को देखता है और उनमें गहरा आंतरिक विश्वास प्राप्त करता है, तब वह समझता है कि वे भगवान के प्रिय भक्त हैं और उनकी सेवा उन मालाओं और भोजन से करता है जो भगवान को अर्पित किए जा चुके हैं। उन्हें भगवान से अभिन्न मानने का अर्थ यह नहीं है कि उन्हें वे चीजें अर्पित की जानी चाहिए जो पहले भगवान को अर्पित नहीं की गई हैं। न ही किसी को गुरु को केवल एक साधारण भक्त समझना चाहिए, बल्कि उन्हें भगवान के कृपा-अवतार के रूप में देखना चाहिए, और उस दृष्टि से भगवान से अभिन्न मानना चाहिए। श्रील जीव गोस्वामी 'भक्ति संदर्भ' में लिखते हैं: "परम भक्त की कृपा ही उन अनर्थों (बुरी आदतों) के विनाश का मूल कारण है जिन्हें साधक अपने अनेक प्रयासों के बावजूद मुश्किल से छोड़ पाता है, और यही भगवान की कृपा प्राप्ति का मूल है।"
"मेरे दीक्षा-गुरु, जिनका नाम यदुनंदनाचार्य है, कृपा से पूर्ण हैं और ईश्वर-प्रेम के कल्पवृक्ष के समान हैं। मेरा मन उनके चरण कमलों में लगा रहे, क्योंकि वे श्री कृष्ण के अत्यंत प्रिय हैं। वे जन्म-जन्मांतर तक मेरे स्वामी हैं। वे उच्च आध्यात्मिक शक्तियों से संपन्न और अद्भुत रूप से दयालु हैं। वे प्रेम-भक्ति प्रदान करने वालों में शिरोमणि हैं, जिन्होंने मुझ जैसे अधम व्यक्ति पर स्वयं अपनी कृपा के अमृत की वर्षा की।"