श्रील नित्यानंद प्रभु का जन्म बीरभूम जिले के एकचकरा गाँव में पद्मावती और हदाई पंडित के पुत्र के रूप में हुआ था। अपने बचपन में वे बलराम की तरह खेलते थे। जब वे बड़े हो रहे थे, तो हदाई पंडित के घर एक संन्यासी आया और पंडित के पुत्र को अपना ब्रह्मचारी सहायक बनाने की विनती की। हदाई पंडित तुरंत सहमत हो गए और अपने पुत्र को उन्हें सौंप दिया, यद्यपि यह अलगाव अत्यंत दुखद था इतना कि हदाई ने अलगाव के बाद अपने प्राण त्याग दिए। नित्यानंद प्रभु संन्यासी के साथ कई तीर्थयात्राओं पर गए। ऐसा कहा जाता है कि वह उनके साथ कई दिनों तक मथुरा में रहे, और उस दौरान उन्हें नवद्वीप में भगवान चैतन्य महाप्रभु के मनोरथों के बारे में पता चला। इसलिए वे भगवान को देखने के लिए बंगाल आए। जब भगवान नित्यानंद नवद्वीप आए, तो वे नंदन आचार्य के घर पर अतिथि थे। यह समझते हुए कि नित्यानंद प्रभु आ गए हैं, भगवान चैतन्य ने अपने भक्तों को उनके पास भेजा, और इस प्रकार श्री चैतन्य महाप्रभु और नित्यानंद प्रभु के बीच एक मुलाकात हुई।